上海外高桥港区海关，机构级别为正处级，承担外高桥港区及相关海关监管场所的各项海关业务。
机构设置：办公室、行财科、人事政工科、督审科、群团科、综合业务一科、综合业务二科、物流监控一科、物流监控二科、物流监控三科、物流监控四科、物流监控五科、查验一科、查验二科、查验三科、查验四科、查验五科、查验六科、查验七科、查验八科、查验九科、查验十科、技术检查科、船舶监管科、法制科、技术科。
