（一）办公室。负责机关日常运转，承担安全、保密、信访、政务公开、信息化建设和卫生健康统计以及深化医药卫生体制改革等工作。
（二）党建办（组织科）。综合协调党工委工作，组织起草党工委文件材料，负责落实大调研工作和“面对面”服务群众工作。推进全面从严治党主体责任，坚持问题导向，将责任向基层延伸，形成责任链。推进党风廉政建设和作风建设，抓好廉政风险防控机制建设。承担机关及基层单位的干部管理、基层党建、统战、老干部工作、“两新”组织等工作。
（三）宣传科。组织开展卫生健康宣传，承担卫生健康新闻和信息发布工作，妥善应对系统内重大舆情。推进系统内精神文明建设，承担双拥、法宣、语言文字等条线工作。
（四）人事科。承担机关及所属事业单位的人事管理、机构编制、工资福利、绩效工资、人才招录、教育培训、退休干部等工作。
（五）财务科。负责机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计等工作，指导基层单位基建及总务工作。
（六）公共卫生管理科。落实重大疾病防治规划、免疫规划及政策措施，组织落实传染病、慢性非传染性疾病监测、预警以及预防、干预和服务管理措施。落实妇幼卫生健康政策、标准和规范，承担妇幼卫生、生殖健康、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展和生育技术服务推进工作。
（七）医政医管与药政管理科。承担医疗机构、医疗服务管理工作，建立医疗质量控制、医疗服务评价和监督管理体系。组织公民无偿献血。指导、管理和督查行风建设工作。对公立医院绩效考核评价工作进行监督、指导。组织实施国家基本药物制度，承担医疗机构相关药品的使用管理临床药事工作与合理用药监测工作。组织实施卫生健康科技发展规划及相关政策措施，承担职责范围内的实验室生物安全监督工作，承担毕业后医学教育和继续教育的管理工作。管理卫生健康领域的交流合作、卫生支援工作。
（八）社区卫生与健康促进科。负责本区社区卫生服务健康管理工作，指导社区卫生服务机构规范建设、运行和服务。组织开展本区爱国卫生运动、健康教育、健康促进活动，承担卫生健康科学普及等工作。
（九）中医药发展科。指导协调本区中医、中西医结合机构的设置和资源配置，组织实施中医药传承创新、文化继承发展等工作，承担与中医药工作相关的毕业后教育和继续教育的管理工作，承担与中医药工作相关的综合协调。
（十）法制监督与职业健康科。承担公共卫生、医疗服务等监督工作，查处相关违法行为。组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查。落实职业卫生、放射卫生相关政策、标准。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理。协调开展职业病防治工作。
（十一）应急管理与食品安全科。承担卫生应急和紧急医学救援工作，对重大灾害、恐怖、中毒、消防、防汛防台、生产安全等事件组织实施紧急医学救援以及日常管理等工作。组织开展食品安全风险监测评估等工作。
（十二）人口老龄与家庭发展科。承担落实本区老龄工作委员会的日常工作。落实医养结合的政策、标准和规范。承担出生人口监测预警工作，组织实施生育政策，促进健康家庭建设，落实特殊困难家庭扶助政策。管理免费计划生育药具供应和发放。
