辽源海关是受长春海关直接领导，按授权负责指定区域范围内海关各类管理工作的执行机构。主要负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；完成长春海关交办的其他工作。
机构规格为正处级，机构类型为属地型，管辖范围为：负责辽源市行政区划内的属地相关海关业务（按有关规定实施集约化管理的审批备案业务和稽查业务除外）。
内设机构
辽源海关设下列5个正科级内设机构：办公室（党委组织宣传部）、综合业务科、企管科、查检科、核查科。
