乌鲁木齐市高新技术产业开发区（新市区）审计局，成立于1984年10月，行政级别为正科级单位，工作人员5名，办公地点在乌市河南东路9号。
1986年迁至乌鲁木齐市北京南路8号新市区政府办公楼二楼。
1987年，乌鲁木齐市区审计局成立新市区审计事务所。1994年更名为新市区审计师事务所。
1994年6月迁至乌鲁木齐市北京南路86号新市区政府办公楼七楼。
2016年9月迁至乌鲁木齐市高新区（新市区）四平路2888号创新广场A座。
2000年新市区审计师事务所撤销。
2011年乌鲁木齐市高新技术产业开发区与新市区合并，乌鲁木齐市新市区审计局更名为乌鲁木齐市高新技术产业开发区（新市区）审计局，行政级别为为副县级单位。
2011年成立乌鲁木齐市高新技术产业开发区（新市区）政府投资审计中心，相当于正科级，事业编制数5人。2019年列事业编制10名，经费形式为全额预算管理。
2013年成立乌鲁木齐市高新技术产业开发区（新市区）经济责任审计中心，相当于正科级，人员编制数7人，经费形式为全额预算管理。
乌鲁木齐市高新区（新市区）审计局主要审计业务：本级财政预算审计、经济责任审计、财务收支审计、专项审计、政府投资审计及上级审计部门统一组织或授权审计项目，为高新区（新市区）经济发展做出了积极贡献。
乌鲁木齐高新区（新市区）审计局领导班子成员及分工
审计局党组副书记、局长：高新丽 负责全局工作、政府投资审计中心工作及业务指导
审计局党组成员、副局长：王海燕 负责经济责任中心工作及业务指导
办公电话：0991-3837421
乌鲁木齐高新区（新市区）审计局二级单位
高新区（新市区）审计局下设两个二级单位：
（一）名称：高新区（新市区）经济责任审计中心
职责：经济责任审计
分工：经济责任审计中心副主任：邓静具体负责经济责任审计工作
成员：刘浏马殿红王子健 董洁马紫萱
办公电话：0991-3827754
（二）名称：高新区（新市区）政府投资审计中心
职责：政府投资项目审计
成员：于红英王晓会刘晨婷
办公电话：0991-3854395
